советую обратить внимание

это фактически небольшая распознавалка для пдф файлов
в демо режиме пропускает только одну страничку за раз
http://www.myriad-online.com/en/products/pdftomusic.htm
сохраняет в миди, хмл и др форматах
потом можно обрабатывать дальше в музыкальных редакторах
кому-нибудь может пригодиться для практических целей