Есть файл: http://r2u.org.ua/data/Ru-Uk%20Academic%20Dictionary%20(1924-33).pdf

Как видно, там русский язык идет черным цветом шрифта, а украинский - синим.
Каким образом можно "разделить" этот словарь так, чтобы два цвета шли отдельными файлами? Т.е. чтобы в одном файле остались только украинские слова (синий цвет) а в другом - только русские...

Текст превосходно копируется в WORD, однако при этом теряется его цвет уже на второй-третьей странице и не удается его разделить с помощью "выделить текст такого же форматирования" или удаления текста с определенными аттрибутами...

Кто может подсказать программу или прием с помощью которого можно было бы это сделать?

Можно. Для этого нужно Acrobat Professinal.